かつて蘚類，苔類，ツノゴケ類はコケ植物門（Bryophyta）としてまとめられていましたが，これまでに行われた多くの系統・分類学的研究ではそれぞれ独立したグループであることが示唆されたことから，蘚類はゼニゴケ植物門（Marchantiophyta），苔類はマゴケ植物門（Bryophyta），ツノゴケ類はツノゴケ植物門（Anthocerotophyta）として，それぞれ独立した門とされました。3つのグループの系統関係については未だ諸説あり，仮説が出るたびに反論・反証が出されるため，2014年の段階では定説と呼べるものがありません。

ヒカゲノカズラ植物，シダ植物，種子植物（裸子植物と被子植物）から成る維管束植物の分類体系は様々です。伝統的な分類体系では、各植物をそれぞれ門の階級としていますが，近年は系統関係を反映させた分類として，維管束植物門（Phylum Tracheophyta）に種子植物亜門（Subphylum Spermatophytina），シダ植物亜門（Subphylum Pteridophytina），ヒカゲノカズラ植物亜門（Subphylum Lycopodiophytina）の3亜門を含めるものが主流になりつつあるようです。本サイトではRuggiero et al. (2015) を採用しました。