アカモクに近似するシダモク（Sargassum filicinum）は，気胞が球形から楕円形で，雌雄同株であることで区別されてきましたが，Uwai et al. (2009) は，アカモク・シダモク個体群について，cox3遺伝子を用いた系統地理学的解析を行い，日本各地のアカモク・シダモク個体群は，地域ごとの遺伝的分化はあるが種の違いではないとし，アカモクとシダモクは同種と結論付けました。Cho et al. (2012) は，ITS2領域，rbcL，psaA，cox3遺伝子を用いた多遺伝子解析では，2種を区別出来ると主張しています。Cho et al. (2012) は，韓国産のサンプルしか用いていないため，アカモクとシダモクが同種か別種かの結論には至らないと考えられますが，日本産のサンプルについて改めて分類学的検討を行う必要があるかもしれません。しかし，もしアカモク・シダモク個体群に種レベルの差異があると仮定すると，単にアカモクとシダモクという2種を認めるということにはならず，各地域の個体群がそれぞれ「種」として認められる，すなわち新種が乱立するということも予想されます。アカモク・シダモク個体群の種の境界を巡る議論・課題はそう簡単に解決するものではないかもしれません。

アカモクはコンブ類に匹敵するほど大型になる海藻ですが，その大きさについては様々な説が飛び交っています。一般的には3-5 m位と考えられていますが，日本海のように透明度の高い条件では「30 mを超えるアカモクの大森林がある」という噂もあります。あくまでも噂なので真偽の程は分かりません。さすがに30 mは言い過ぎと思わなくもないですが，5 mを超える個体があるのは確かで，ホンダワラ属の中でも群を抜いて大きくなる種です。海藻の大きさの記録を取るのは難しく，「世界一」，「日本一」と安易に決定することは出来ませんが，現在日本の海藻の中で最長と考えられているナガコンブ（Saccharina longissima，注）に次ぐか匹敵する大きさの海藻と言えるかもしれません。公式には何mとなるのか，気になるところです。

注．ナガコンブは通常2～10 m，最大で20 mに達すると言われています。