マリモの学名を巡っては，属，種共に数々の変遷がありましたが，Hanyuda et al. (2002)，Boedeker et al. (2010, 2012) などによる18S rDNAを用いた分子系統解析が実施されてからは Aegagropila linnaeiという種類に充てられました。また，Boedeker et al. (2010, 2012) は，マリモが全世界的に1種類であると結論付けました。日本と中国にはタテヤママリモ（Aegagropilopsis moravica）という近似種が生育していますが，これはマリモとは属レベルで異なる種類です。マリモの学名は，Aegagropila linnaeiで安定したと思われましたが，Guiry & Frödén (2023) は，Aegagropila linnaeiをAegagropila brrowniiの異名同種（シノニム）としました。
マリモの変種（varietas）・品種（forma）
マリモには，球形になるもの以外にも様々な形態をとるものが知られていることから，種より下の分類群（種内分類群）としてたくさんの変種，品種が記載されています。これらの変種，品種を認めるかどうか，研究者によって見解が分かれていますが，Boedeker et al. (2010) によるリボソーマルDNAのITS領域を用いた解析により，マリモの種内の遺伝的な差異が低いことから，変種・品種の区別をしないのが世界的な見解となっているようです。ただし，遺伝的な差異が低いといっても100%一致するというわけではなく，Boedeker et al. (2010) は5つの遺伝子型（genotype）を認めています。これらの遺伝子型と変種・品種との対応関係は分かっていません。
フジマリモ Aegagropila sauteri var. yamanakaensis Okada, 1957 について
フジマリモはOkada (1957)がマリモの変種として山中湖で記載したものです。当時，マリモはAegagropila sauteriという種類に充てられていたので，フジマリモはAegagropila sauteriの変種 A. sauteri var. yamanakaensisとして記載されました。マリモについて変種・品種を認めない風潮の中で，フジマリモだけはマリモの変種として認められています（芹澤ら 2009, 2015）。結果は示されていませんが，芹澤ら（2015）によると，フジマリモのITS領域はBoedeker et al. (2010) が認めた遺伝子型の内，Genotype C に相当するといいます。ヨーロッパで報告されているGenotype C に相当するマリモがフジマリモと形態的に同じ特徴を示すのであれば，マリモの変種としてフジマリモを認めても構わないのではないでしょうか。ただし，マリモがAegagropila browniiという種に充てられていることから，フジマリモをAegagropila browniiの変種とする新組合せを正式に発表する必要があるでしょう（注）。
国立科学博物館のホットニュースやプレスリリースによると，山梨県山中湖で「フジマリモ」と呼ばれてきたマリモ状藻類は，マリモとタテヤママリモの2種を含み，その内，1958年に山中湖で採集，栽培されてきた「フジマリモ」はタテヤママリモに近縁という事です。この「フジマリモ」が，Okada (1957) が記載したフジマリモ（Aegagropila sauteri var. yamanakaensis）と同一のものかどうか，分類学的検討が必要です。仮に「フジマリモ」と「タテヤママリモ」が同種であるならば，種は Aegagropilopsis moravica としても，和名を「フジマリモ」と「タテヤママリモ」のどちらにするかが問題になるかもしれません。
参考文献
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