注．アナアオサの中には厚さが100 µmに満たない個体もしばしばみられるため，確実な同定方法ではないと考えられます（後述）。

Couceiro et al. (2011) は，Ulva australis と U. pertusaは系統的に区別が付かないとし，U. pertusaをU. australlisの異名同種（シノニム）としました。Ulva pertusaはアナアオサの学名として，日本で長く用いられてきたもので，これをU. australisと同種として良いかどうか慎重に判断する必要があります。Kraft et al. (2010) による形態観察によると，U. australisの外部形態，体の厚さ，細胞の大きさや葉緑体の配置はU. pertusaと近似しています。両種の唯一の違いは，葉緑体中のピレノイドの数で，U. australisは1個の葉緑体当たり1個，U. pertusaは1個の葉緑体当たり1～3個のピレノイドを持ちます。Couceiro et al. (2011) によると，日本のU. pertusaと，Kraft et al. (2010) が用いたオーストラリアのU. australisのITS1領域とrbcL遺伝子の配列は同種とみなして良いほど近似しているため，ピレノイドの数の違いは，2種を区別する特徴にはならないのかもしれません。また，ピレノイドの数は生育条件によって変化したり，観察によって見えにくかったりするという指摘もあります（Shimada et al. 2003，平岡・嶌田 2004など）。従って，U. australisとU. pertusaを別種として分ける決定的な特徴はありません。

Ulva pertusaとU. australisの関係について，公開されている遺伝子配列が本当にU. australisあるいはU. pertusaのものなのかという疑義が残されていましたが，Hanyuda & Kawai (2018)はU. australisのタイプ標本のrbcL遺伝子と核コードITS領域の部分配列（rbcL: 197 bp, ITS: 114-242 bp）を決定し，U. australis/ U. pertusaの遺伝子配列と一致又は近似することを示しました。Hughey et al. (2021) はU. pertusa，U. laetevirens，U. spathulataのタイプ標本のrbcL遺伝子の部分配列（U. pertusa: 110 bp, U. laetevirens: 384 bp, U. spathulata: 1425 bp）を決定し，これら3種が同一種としてU. australlisにまとめられることを示しました。rbcL遺伝子の配列が短いのが気になるところですが，1800年代の標本からのDNA抽出，配列決定は難しく，4種のタイプ標本の遺伝子配列が全て揃っただけでも驚異的です。Hanyuda & Kawai (2018) が決定したITS領域においてもU. pertusaとU. australisが同一種であることが示唆されていることから，アナアオサをU. australisとする結論は出たと判断して良いと考えられます。