ムカデミノウミウシの背側突起には，ズーザンテラ又はズーキサンテラ（zooxanthella）と呼ばれる共生藻類が細胞内共生しており，その光合成産物を利用していると考えられています。ズーザンテラの種類は未確認ですが，本種はヒドロ虫のRalpharia属（刺胞動物）を食べるそうなので，ヒドロ虫に共生している渦鞭毛類のシンビオディニウム科の1種（Symbiodiniaceae sp.）（注）をヒドロ虫ごと食べ，共生藻として背側突起の先端部に飼っていると考えられます。背側突起を一本ちぎり，顕微鏡で観察するとたくさんの「シンビオティニウム」が細胞内に入っている様子が観察されます。

注．従来シンビオディニウム属（Symbiodinium）と呼ばれてきた仲間ですが，シンビオディニウム属はLaJeunesse et al. (2018) により複数の属に分けられました。ムカデミノウミウシに共生している「シンビオディニウム」の属，種については分からなかったので，本サイトではシンビオディニウム科（Symbiodiniaceae sp.）の1種としました。