ムカデノリは和名の通りムカデノリ属（Grateloupia）のメンバーですが，Carderon et al. (2014) ，Kim et al. (2014) などによる遺伝子解析において，ムカデノリ属が多系統群であることが示されました。ムカデノリはヒラキントキ属（Prionitis）のクレードに含まれることが示唆されており，属の所属について今後の検討が必要と考えられます。本サイトでは，ムカデノリを暫定的にムカデノリ属のメンバーとしました。

ムカデノリとヒロハノムカデノリは，上述の通り外形が酷似しており，種同定に困る種類ですが，さらに困ったことに本州太平洋沿岸中部や四国，九州では両種の分布域が被っていることが分かってきました（Kawaguchi et al. 2001, Faye et al. 2004, 嶌田 2014, Yang et al. 2021）。著者の経験則になりますが，ムカデノリは日本海側から太平洋側，北海道から九州までの全国的に分布し，ヒロハノムカデノリは千葉県以南の本州太平洋沿岸や四国・九州に分布しているようです。ただし，島根県隠岐の島や韓国の済州島などでヒロハノムカデノリが報告されていることから（Nelson et al. 2013），ヒロハノムカデノリが本州日本海沿岸に広く分布している可能性も十分あり得ると思います。分布や生育地によって区別出来れば良いと思っていたのですが，どうやら難しいようです。